К 1941 году ИГМИ превратилась в сложившийся коллектив, способный решать весь комплекс вопросов, связанных с подготовкой врачебных кадров, подготовкой преподавательского состава высокой квалификации, организацией научных исследований и обеспечением на должном уровне лечебно-диагностического процесса в клиниках.
За годы войны, несмотря на крайне сложные условия работы вуза, было осуществлено пять выпусков. Страна получила 762 врача, большинство из них были направлены в действующую армию и тыловые госпитали. В планах научных работ в течение этого времени преобладали темы, связанные с военным травматизмом. В разработку этих тем были вовлечены все кафедры института.
Для выполнения новых задач по учебной и научной работе в послевоенные годы необходимо было укрепить материальную базу кафедр и расширить клинические базы. Большая работа в этом направлении была проделана в 60-80-х годах. Активно работали цикловые методические комиссии и центральный координационный методический совет академии. Под их руководством разрабатывались вопросы комплексирования и преемственности преподавания, были составлены и внедрены в учебный процесс сетевой план координированного преподавания во временных интервалах ряда тем и разделов на теоретических, медико-биологических и клинических кафедрах, планы преемственности в преподавании военно-медицинских дисциплин, составлены сквозные межкафедральные программы преподавания вопросов неотложной помощи в хирургии, онкологии, гематологии, нефрологии и урологии.
В учебном процессе активно применялись технические средства, улучшилось оснащение лабораторным оборудованием, были сделаны учебные кинофильмы. В начале 80-х годов создан вычислительный центр, началось внедрение в педагогический процесс вычислительной техники.