Родился 24 декабря 1924 года в деревне Старый Постол Ижевского уезда Вотской автономной области.
После окончания Малопургинской средней школы в 1942 году был призван в армию и направлен в Московское пулеметное училище. В 1943 году - командир стрелкового взвода. Воевал на Орлово-Курской дуге, был тяжело ранен и по инвалидности демобилизован.
В 1946 году он поступил в Ижевский мединститут, с которым навсегда связал свою судьбу. Затем были ординатура на кафедре пропедевтики внутренних болезней и работа ассистентом кафедры госпитальной терапии. В 1958 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Система кровообращения при некоторых заболеваниях желчных путей и печени». С 1960 по 1986 год он возглавлял кафедру пропедевтики внутренних болезней, затем работал в должности профессора кафедры. Докторскую диссертацию «Хронические воспалительные заболевания желчных путей и их бальнеологическое лечение и профилактика» защитил в 1969 году.
Свыше 40 лет Василий Фомич плодотворно сочетал лечебную, научную, педагогическую и общественную деятельность. Основными направлениями его научной работы являлись изучение лечебных свойств местных природных факторов (минеральных вод и грязей) и разработка методов их применения; исследование преформированных физических агентов (импульсные токи низкой частоты), различных вариантов рефлексотерапии, их механизмов действия при хронических заболеваниях желудочно-кишечного тракта, печени и желчных путей. Им разработан комплекс аппаратуры для диагностики и лечения больных с заболеваниями органов пищеварения.
Кафедра одной из первых в России начала внедрять технические средства обучения (учебные кинофильмы, магнитофонные записи сердечных тонов, интракардиальных и дыхательных шумов, мультифонендоскопы). Разработаны были графологические структуры лекций и практических занятий, внедрены элементы программированного контроля, открыта кафедральная учебная лаборатория.
По инициативе кафедры впервые в Удмуртии были организованы специализированные гастроэнтерологические отделения при МСЧ № 4 и МСЧ № 8, кабинет рефлексотерапии. Много внимания он уделял повышению квалификации врачей через клиническую ординатуру, организацию семинаров и конференций, проведение клинических разборов больных.
В. Ф. Машагатов - автор свыше 130 научных работ, 5 изобретений и 17 рационализаторских предложений по гастроэнтерологии и рефлексотерапии, он заслуженный изобретатель СССР. Под его руководством были защищены 3 кандидатские диссертации, он редактор сборников научных трудов.
Избирался депутатом, Председателем Верховного Совета Удмуртской АССР 8-го и 9-го созывов, секретарем партбюро института, делегатом XXIV съезда КПСС. Он был членом правления Удмуртского республиканского общества терапевтов, членом научно-методической комиссии Республиканского совета профсоюзов по управлению курортами.
Заслуженный врач УР и РФ, отличник здравоохранения. Награжден орденами «Отечественной войны I степени», «Красной Звезды», «Трудового Красного Знамени», «Октябрьской Революции», «Знак Почета» и несколькими медалями. Он - лауреат премий им. Комсомола Удмуртии и научно-технического общества Удмуртии. Его имя занесено в Книгу почета трудовой славы и героизма УАССР.
В память о Василии Фомиче Машагатове в 2004 году в ГКБ № 8 установлена мемориальная доска.
Умер в 1996 году.