Родился 30 апреля 1901 года в городе Малмыже Вятской губернии. В 1919 году окончил среднюю школу и вступил в ряды Красной армии. Участвовал в боях с колчаковцами на Восточном фронте.
После 4-месячного пребывания в армии был отправлен на учебу в Казанский университет и поступил на медицинский факультет.
В связи с эпидемией сыпного тифа был послан медбратом милосердия на ликвидацию очага заболевания.
В 1924 году после окончания университета Н. Ф. Рупасов призван на военную службу врачом. После демобилизации работал хирургом в Оршанской сельской больнице в Марийской области. С 1928 года - заведующий хирургическим отделением областной больницы города Йошкар-Ола. Здесь он активно оперировал, создал рентгеновский кабинет, организовал научную секцию врачей, включился в научную работу.
В 1930 году проходил усовершенствование в городе Казани в хирургической клинике профессора А. В. Вишневского, где стал убежденным сторонником медицинских концепций Вишневского, примкнул к его хирургической школе.
С 1932 по 1940 год работал заведующим хирургическим отделением и главным врачом в Можгинской межрайонной больнице в Удмуртской АССР. В Можге он развернул большую хирургическую работу, используя знания и опыт, приобретенные в клинике А. В. Вишневского.
В 1937 году защитил кандидатскую диссертацию по применению местного обезболивания при крупных гинекологических операциях. Свой практический опыт он отражал в статьях, которые посылал в хирургические журналы, участвовал с докладами на съездах хирургов. Его труды по применению местной анестезии при сложных хирургических операциях имели положительный отклик среди практикующих хирургов и ученых. Провел большой клинический анализ лечения рака нижней губы по материалам Можгинской больницы. Этот труд вылился в докторскую диссертацию, которую он защитил в 1939 году, и монографию «Рак губы», изданную в 1948 году. Он полностью реорганизовал Можгинскую больницу, создал рентгеновский кабинет, бактериологическую лабораторию, пункт переливания крови, виварий для экспериментальных исследований. В период войны с белофиннами Н. Ф. Рупасов был начальником эвакогоспиталя в городе Сарапуле.
В 1940 году по приказу МЗ РСФСР был назначен на пост директора Ижевского мединститута и стал профессором кафедры госпитальной хирургии по курсу военно-полевой хирургии.
В годы Великой Отечественной войны принимал активное участие в развертывании эвакогоспиталей, в обучении хирургии врачей других специальностей. Лично выполнил около 2500 операций в эвакогоспиталях Удмуртии; предложил методику восстановления функции конечностей после ранений, разработал систему лечения обморожений во фронтовой обстановке, много сделал для лечения несросшихся огнестрельных переломов костей. Создал конструкцию фиксированной компрессии переломов с помощью штифтов, прикрепленных винтами к специальной раме, что явилось прототипом аппарата Илизарова.
В 1944 году Н. Ф. Рупасов назначен наркомом здравоохранения Удмуртской АССР. В 1946 году возглавил кафедру общей хирургии ИГМИ. Он много сделал для развития грудной хирургии в Удмуртии. В клинике общей хирургии под его руководством и с его участием стали проводиться операции на легких, сердце, пищеводе, желудке. В методику местной анестезии внес собственное дополнение: добавление бромистого калия оказывало хорошее седативное действие на нервную систему больных. Как хирург-новатор проводил сложные операции на грудной клетке, брюшной полости, травматологические операции под местной анестезией. Первым применил электронож при операциях, организовал онкологическую и радиологическую службы в республике. В 1955-1956 годы Н. Ф. Рупасов работал хирургом-консультантом во Вьетнамской Демократической Республике. С 1956 по 1961 год он во второй раз возглавил Ижевский медицинский институт.
Н. Ф. Рупасов - автор 50 научных работ. Под его руководством выполнено 5 кандидатских диссертаций. Удостоен звания заслуженного деятеля науки УАССР, значка «Отличник здравоохранения СССР», награжден орденами и медалями.
Умер Н. Ф. Рупасов в 1968 году.